1. 分子动力学与Gromacs

1.1 分子动力学研究的体系

1.2 模拟要素及时间尺度

1.3 Gromacs编译与安装

#2 为Gromacs 2024.2版本的编译安装过程。

1.4 硬件配置

2. 分子力场

理想情况下，分子力学对应的势能面与量化计算结果精确匹配最佳，但一般做不到。
体系势能一般包括bonded与non-bonded。

2.1 Gaff力场